В пользу "я" есть следующее слекга сумасшедшеее обьяснение. Вот в эстонском есть а с умлаутом, как в немецком. Звучит оно не вполне так, как немецкое, и приближает звук в слове cat лучше, чем русские а и э (хотя и неидеально). Так вот это самое а с умлаутом в русский традиционно транслитерируется как "я". То есть вот, например, Päevaleht (газета такая) преврашается в Пяэвалехт.